云阳县书生靳明，字无垢，祖上也是官宦人家。可是，那一年家乡收成不好，靳明便背起行囊，游走四方，由于居无定所，到二十三岁了他都还没有娶妻。
他搭船来到扬州，在西郊富室程氏家中坐馆，教授程氏家里的小童读书，宾主之间颇为融洽。
一天，来了一个乞丐老妇人，在村里讨饭，病得快要死去了，靳明慷慨拿出一部分自己所得的薪金，给老妇人购买棺材，收敛她的尸体，程氏也愿意出一块地埋葬老妇人。
老妇人死了，留下一个女儿，那女子自己说她十八岁了，面貌极为丑陋，流着鼻涕，一身污垢，常用又粗又脏的手指搔痒，一双泛黄的眼睛，毫无生气，佝偻着背，瑟瑟缩缩，穿着的衣服七缝八补，打满了结，还时时露出了手肘，呈紫黑色，人们见到她，都感到很厌恶。
她哭着把母亲葬下之后，蓬头垢面，像个囚犯一般，对靳明说：“我一个人孤苦伶仃，并且面貌丑陋，叫我到哪里去？”
靳明可怜她，就向程氏请求，说：“君家也不吝惜那一两碗饭，就豢养着这个孤儿吧！”
程氏就答应了，叫她去清洗身子，换上粗布衣衫，跟着家里的老媪，一起操作家务，烧火提水，倒也十分勤快，全家人都看得中，便叫她为“黑牡丹”。
过了一年多，靳明忽然得了神经麻痹症，精神委顿，全身骨架像是分离一样，整天睡卧在床上，大小便都需要人照顾。
程氏知道他无家可归，又可怜他还是单身一人，就对他说：“你要是不嫌弃，愿意让黑牡丹来供你使唤，但是她又丑又蠢，还请你谅解。”
靳明认为可以，就说：“总比没有人在身边的好。”
程氏就让黑牡丹到靳明的房里，服侍他吃药喝汤，倒也颇有耐心，只是手脚生硬，心性有些笨拙。
靳明见她左手上长有枝指，就是多余的小手指，于是给她改名叫“枝娘”。
从此，枝娘铺上柴草，睡卧在靳明的床边。夜里索要尿壶，不小心失手，尿壶摔碎了，尿水流得满地都是，还沾湿了被褥，靳明也没有责怪她。又有一天晚上，给靳明倒茶，不小心打碎了靳明心爱的古瓷杯，又有一次给靳明收拾书桌，打碎了靳明家传的香姜砚。枝娘感到很惭愧，心里感到过意不去，靳明也没有恼怒，反而安慰她说：“枝娘不必放在心上，这些东西的好坏，都有一定的定数，该坏的时候就坏了，谁也阻止不了。”
过了一个多月，靳明稍微有什么地方违拗了枝娘，枝娘凶狠地对他瞪眼，有时候还恶声恶气地咒骂，靳明也从来都不回答她，心想她照顾也够委屈她的了，抱怨几句也是应该的。
枝娘见靳明总是那么温和，忽然对靳明说：“我资质鄙陋，又已无路可走，承蒙你救援，感激之情一直深深藏在我的心中。主人叫我来服侍你，正好可以报答你的大恩，可是我又屡屡犯错，对你无礼，你又总是那么宽容，不跟我争执，能不敢在你面前露出真面目吗？你犹如独自藏在茧里的蚕，我好比求偶的雌野鸡。你不是好色的登徒子，我可也要毛遂自荐了，请你转给头去。”
靳明转头之间，枝娘也变成了一个绝色美人，螓首蛾眉，衣带轻飘，服饰艳丽，姗姗细布，楚楚可怜。
靳明大吃一惊，问：“你是人，还是妖？我这一把穷骨头，不能让你填饱你的肚子。”
枝娘看着他一副惊惧的样子，笑着说：“我是上清界的仙子，贬谪凡尘，该当配给世上之人。然而，满眼都是痴俗轻薄之人，没有一个如你这般长厚。前面故意装成乞丐，只不过掩人耳目罢了。现今呈现出真面目，聊且报答你的恩义，但是你得保守秘密。”
靳明又是惊讶又是欢喜，说：“能得仙子降临，我修了什么福了？但是丑变成丑了，主家一定感到惊骇怪异，并且屋里藏着美人，要招来别人闲话的，这怎么办？”
枝娘道：“这不用担心！外人看到我，仍然如前面一般丑陋。”
可是靳明仍然有些局促不安，说：“我固然不能让你睡在床边的地上，可是我一身病痛，又不能让你安睡在床上，这可怎么办，怎么办？”
枝娘道：“我正要给你治病，哪有床上床下的区别？”
晚上，枝娘便自己脱去外衣，轻轻地舒展着玉一般的手腕，上到床上，给靳明按摩。纤柔的手指揉捏着靳明的关节骨头，顿时病痛的骨头松软了好多。枝娘又用一双小脚，再三靳明的背上，按着经脉踩压了几下，问道：“是否感觉有一股暖气到达丹田之中？”
靳明道：“一股奇异的暖气由涌泉穴直往上冲，只是冲不到头顶，仍然感到酸楚，难以伸展。”
枝娘道：“这非要仙池的水来清洗不可。”
于是，把小舌头伸到靳明的嘴里，搅动了几下，把口水送入靳明的嘴里。
忽然，靳明的肚子中便发出咕噜噜的响声，骨节都通畅了，病痛忽然就消失了。
靳明一下跳跃起来，跪在床上叩头，对枝娘说：“你真能让死去的人再复活啊！以前我竟然有眼无珠，没有察觉出来。”
枝娘笑着说：“你两手空空，准备用什么来酬谢我这个大神医呢？”
靳明道：“摆上花香，早晚供奉，尊之如神明，敬之如师父，镌刻在心上，生生世世都不忘记。”
枝娘偎依着她，说：“琴弦都摆在桌上了，挑拨弹奏全由你了。”
靳明笑着道：“同床共枕，同栖同面，未免不太亵渎仙子了吗？”
枝娘低低嫣然一笑，也不再和他玩笑，于是，成了夫妻之好。
早上起来，古瓷杯和笔砚，打碎的东西，全都变回了原来的样子，安安稳稳地摆在桌子上，像是没有缝隙的天衣。
靳明微微观察枝娘的为人，体态袅娜，心性温存，和以前大不一样，不再像以前那样笨手笨脚，就私下询问她，枝娘道：“只不过故意那样试探你罢了，仙人的作为岂是凡人能够预料？”
程氏见靳明的病忽然就痊愈了，心里感到很奇怪，实在不知道是枝娘的伎俩。
靳明仍然向程氏请求，说：“沉痛的疾病刚好，调节护理还需要人，希望能把枝娘借给我，陪伴我的孤寂，当没世不忘君家的恩义。”
程氏听了，一脸疑惑，问道：“枝娘是谁？”
“就是君家的黑牡丹。”靳明就把更改名字的原因告诉程氏，程氏叫枝娘来查验，果然长有枝指，便许可了，见到靳明和枝娘那般亲密，就私下和人说：“靳公子大概有些怪癖，不然，择取侍妾怎么也不计较美丑呢？”他哪里知道，枝娘在靳明面前是个绝色美人呢？
靳明本来嗜好读书，如今他夜里和枝娘夫妻欢爱，白天就咿咿唔唔地念书，写好了八股文就放在桌上，摇头晃脑地高声吟诵。
枝娘好像感到颇为厌烦，等读到靳明写的文章，立即皱着眉头，说：“你是个老诚君子，缺乏灵敏的心思，生得俊秀非凡，而没有丰富的象形力，你这些文章都是老套路，缺少新花样。像这样拼拼凑凑的文章，怎么能取得高官呢？”
靳明道：“我身体有病，你用手脚当刀圭，把我治好，我的文章有病，你又用什么来医治呢？”
枝娘笑着道：“这个，我这神医也有高妙的法子。请你暂且丢下书本笔砚，可以吗？”
靳明道：“好！”
晚上的时候，枝娘都带着一些酒菜和琵琶到靳明的房里，染上蜡烛，夫妻相对，饮酒作乐。
枝娘拨动琵琶，铮铮地发出响声，缕缕不绝。轻拢慢捻，浅浅地拨弄，低低地弹奏，发出哀怨之声。靳明问是什么曲子？
枝娘道：“这是昭君出塞，马上第一拍也。”
靳明道：“妙哉！晴空一碧，无边无际，大雁的影子犹如一条绳子，飘摇在风沙之中，真像在眼前一般！”
枝娘按着弦，琵琶再次响起，声音凄凉悱恻，靳明又问是什么曲子。
枝娘道：“这是文姬归汉，哭泣着告别单于。”
靳明道：“泠泠作响，不知道要到何处去，儿女私情，难分难舍，如泣如诉，锦绣旗帜伞盖，围着准备上路的骆驼，相隔千里万里，也就像是在身边一般。”
枝娘又急促地弹奏，发出豪迈之声，靳明又问是什么曲子。
枝娘道：“这是木兰从军，率军征战沙场，捷报凯旋之歌。”
靳明道：“壮哉！闺中女子，身躯矫健，身处千军万马之中，气势汹汹，让人心胸澎湃了。”
枝娘该换节奏，作呜咽悲壮之声，靳明问是什么曲子。
枝娘道：“这是虞姬听到了四面楚歌，在霸王帐下舞蹈。”
靳明道：“英雄美人，足以照耀千秋，霸王勇力能拔动山河，而心中难以割舍美人，也不愧是一时人杰啊！”
枝娘又忽然变更弦音，发出春风和煦之声，靳明问是什么曲子。
枝娘道：“这是唐明皇的宫女，身穿轻纱，跳霓裳羽衣舞。”
靳明道：“妃子晓妆，万花竞放，李三郎真是欢乐死了。”
枝娘弹奏完了，才敛起袖子，笑着对靳明说：“为你转移性情，将要拥有一副灵会的心窍了。”
靳明享受欢乐，差点忘记年岁了，也记不得去读书了。
枝娘带着靳明投射竹签，隐藏物品，下围棋，猜谜语，没有一样不精通，然而始终不谈论读书作文的事。
过了两个多月，靳明也渐渐地能和枝娘配合着玩几下了。枝娘才说道：“行了！”夜里睡觉的时候抱着靳明，叫她呼吸灵气，吐纳真阴，靳明喉咙间忽然格格作响，忽然吐出一团东西，有拳头那么大，坠落在地上，还蠢蠢欲动。
枝娘道：“这心中的块垒，积郁在心中不除去，即使有再神妙的法术，也是无可奈何，灵窍难以畅通。现今好了，请用酒清洗一下。”
地上的那团东西也化成了碧绿的水汁。
靳明起来，翻阅以前的文稿，汗水直冒，一把火全都烧了。
早上起来，靳明又模拟做了一篇，枝娘看了之后，就用她黄莺一般的声音吟诵起来，更加是婉转动听。
听说考试的日期快到了，靳明打算回去了。
枝娘道：“回云阳，还不如直接上到京城去呢？”
靳明答应了，就辞别程氏书馆的事，就准备上路了。程氏又把枝娘送给他，就等上车，一起走了。
到了山东，刚好碰上教民作乱，阻挡了道路，靳明带着枝娘住在旅店之中，资财都消耗完了，靳明感到很忧虑。
枝娘笑着道：“医治贫困也是我这大神医的事。”就写了一张招牌，说：“夫卖文，妇卖卜，借此获取上京考试之费，不是诓骗酒钱。”
山东一地的文人都争着来请靳明替他们写文章，靳明总是拿起笔一会儿就写好了，大叫都称他为穷司马。
人们请枝娘卜卦，枝娘随口都能决断出他们的疑惑之处，大家交相称呼她为女严君平。
得到很多资财。
抵达京城之后，靳明连连高中，被授予了太史一职。枝娘也时时显露出美貌的容姿，不再像从前那样，在其他人面前，呈现着让人可憎的面貌。
过了一年多，靳明奉旨巡视江浙一带的海防，经过邗江，程氏出来迎接拜谒，上了船，看见帷帐后面有个人影，身着绣裙，掩映在帷帐上，有很多小婢女在身边伺候。
程氏问道：“先生已娶得佳偶了吗？”
靳明笑着说：“我们也算是姻亲，愿意让以前的丫头出来见见主人。”
接着，就看见一个女子满头珍珠玛瑙，穿着绣裙，宽大的袍子，亭亭大方地走出来，向程氏盈盈下拜，艳美得犹如天上的仙子。
靳明问道：“还认得吗？就是枝娘。”
程氏错愕不已，一时说不出话来。
枝娘提起衣袖，伸出手来，让程氏看手上的枝指，程氏才相信，就请靳明暂且住到他家，稍作盘桓，枝娘也去程家拜望，像是回娘家一样。
程家中的男女老少全家都吃惊不已，不相信眼前的美人，就是以前的丑丫头。
当时，邗江一带发生了瘟疫，枝娘拿出丹药了，医活了数万人，便到处纷纷传说是天女下凡。
这事被朝廷知晓了，派遣了一个侍御作为钦差到邗江来勘察，将要以妖妄惑众的罪名惩治靳明。
靳明大为惊恐，枝娘道：“这有什么好忧虑的。”
就挺身出去面见钦差，顿时该换为原来的丑陋的面貌，那侍御见了，笑着说：“这样子，怎么是仙女呢？”回去复命，这件事才停息。
过了一年多，又奉旨出海，到琉球国去册封琉球国王。
枝娘亲手抄写了一卷《金刚经》，交给靳明说：“把这放到船上，算得上避风珠，再大的风浪，也动摇不了帆船半分。”又画了十几多幅小幅的花卉，并且枝枝花儿都折断了，说：“拿去给海外的人看，一定有意想不到的事发生。”
靳明经过海洋，船果然十分安稳。抵达了琉球，有一个碧眼商人看了他的船，私自惊讶地说：“天使的船上，怎么那么多宝物之气？”就来拜问靳明。
靳明道：“下官只不过一介穷儒，囊中哪会有什么珍宝？只有内人画了十多幅画，还不算俗。”就拿出来给商人看。
商人惊讶地对着画拜了两拜，说：“天上的仙女怎么下凡到了人间？你看这花儿，枝枝折断，像没有骨干一样，是人间的无价之宝啊！”于是，献上珊瑚玉树明珠宝石等珍贵的宝物，价值可抵得数万两银子，强行把靳明的画买去了。
靳明回去之后，把所得到的宝物进献给天子，天子嘉奖他为官清廉，都又还给了他。
枝娘苦于不能生育，劝说靳明纳妾，生了一个儿子，刚十七岁就获得了功名，娶了媳妇也十分贤惠。
有一次，靳明私自问枝娘：“你的母亲死了，真的是蜕化成仙而去了吗？”枝娘道：“她不是我的母亲，是天上降谪人间经受劫难的仙婆。”打开坟墓来看，果然是一口空棺材。
靳明既然富有了，又懒得做官，就辞官回家了。
靳明年老了，面貌渐渐地衰败了，枝娘则一直都犹如二十多岁的人。
一天晚上，枝娘的枝指忽然像被刀削一样，坠落到了地上，就说：“我的劫数满了，这尘世之梦怎么这么长啊！”就用黄色锦帛裹着那断了手指，埋在家里的后园中，有把家事全交给了儿媳妇，带着靳明朝拜五岳山川，就没有回去了。
后来，经过了十年，埋手指的地方忽然长出了一株紫色的灵芝，儿子媳妇拜了几拜，采摘来服下，也都仙去了。