三天后，自由贸易联盟获得消息，远星城自毁，封住了血林走廊的出口，与感染者同归于尽。遴选城对远星704进行了盛大的全城追悼，并将704的商会成员与佣兵部队追封为英雄，以纪念他们为了自由贸易联盟安全所作出的贡献。然而有许多流言在私下里流传，称远星704的覆灭远非表面上这么简单。感染潮爆发的那天晚上，还有不为人知的真相存在……
在拉扎罗夫融合母体细胞复生时，方舟科技会同步监测到母体病毒复苏的波段。为了进一步追踪这个母体波段，科技会的部分成员离开方舟重返旧大陆，并联系上西陆的“自由贸易自由贸易联盟”。面对科技会同步的情报，自由贸易联盟也意识到其中潜藏的巨大危机，双方迅速达成协议：遴选城帮助科技会在大陆进行探索，作为交换，科技会为自由贸易联盟提供科技防御支持。
进驻遴选城的科技会，第一件事就是指派泰勒斯对圣托帕尼感染事件展开正式调查，被委托的商队幸存者在海岛实验室带回了帝国的样本。
经过方舟科技会与自由自由贸易自由贸易联盟的一番调查，双方锁定了波动新的定位——多贝雪山的实验室。为了不惊动帝国，双方以寻找植物耐寒性研究资料的名义进入多贝雪山，搜寻被帝国带走的拉扎罗夫。
然而帝国已先行一步，在多贝雪山上建立了军工厂和驻军营地，还在山道上布设了大量防御设施与关卡。科技会与商队成员正面遭遇帝国的军队，
双方发生武力冲突。交火中，拉扎罗夫意外苏醒，母体与感染者的共鸣引发了雪山恐怖的感染潮爆发。
此后，三方势力均失去了雪山现场的消息。自由贸易联盟第一时间派遣了搜救队伍，却只在野外找到一个古怪的幸存者。他自称叫梅西耶，并且失去了此前的所有记忆。
搜救队将他送回了101驻地，并由科技会成员接手。他们试图以梅西耶为突破口，弄清楚多贝雪山的灾变，以及母体病毒的去向。
由于这个期间帝国与自由贸易自由贸易联盟的不断冲突，以及实验室的多次实验失败，使得帝国内部产生矛盾。当初支持秋山真之的戈德曼家族，对灾后新世界的安全与生活更为关注，
并不同意秋山真之耗费资源对母体的剿灭行动。而自由贸易自由贸易联盟提供的“安全”“富足”的许诺，也造成了帝国内部间隙的加深。帝国内部出现了越来越多反对秋山真之的情绪和声音。
在帝国内部不稳之际，遴选城下达了一个日常护送任务，让101驻地接应一个货物车队。
然而车队在途中被不明来历的武装人士伏击，101驻地的商队与佣兵得知消息后立即组织出城搜寻。商队在科技会的协助下很快发现了劫匪踪迹。搜寻队伍一路循着踪迹来到沙石堡。
就在商队准备夺取货物的时候，遭到了一群感染者的袭击。商队消灭威胁后，却发现大量货物已被转移，只在沙石堡的据点内找到一屋子被注射镇定剂的俘虏。
搜寻队把俘虏带回了101驻地，然而在对俘虏信息进行核对后发现，这群俘虏皆为帝国辖区居民，其中还有帝国元首秋山真之的妹妹：秋山光！
101驻地的市长贾斯汀嗅到阴谋的味道，预感101驻地将遭受灭顶之灾。为此，他特意安排商队幸存者前去安抚秋山光，避免不必要的争端与误解，
并主动联系帝国示好，声称解救了秋山光，并愿意将她护送回帝国。
704的幽灵
由于远星704自毁、阻断了血林走廊，101驻地的护送行动只能横跨宝冠山脉、沿坠星海进入北陆。商会领袖之一卢卡斯作为自由贸易联盟代表，与贾斯汀一同护送秋山光前往北陆。
然而即将到达交接仪式地点附近时，护送队伍却又遭遇了感染者袭击，护送队伍被冲散。危急时刻，贾斯汀与秋山光被一群自称“远星704”势力的武装力量搭救。这些人放走了贾斯汀，贾斯汀立刻赶去与卢卡斯汇合。帝国辖区莫名出现的感染者、死而复生的“远星704”幽灵……这些线索组合起来，让贾斯汀深觉此事背后酝酿着巨大阴谋。与卢卡斯汇合后，贾斯汀逼问卢卡斯这一切的缘由，却被卢卡斯的佣兵敲晕。
卢卡斯将贾斯汀的队伍关押，自己亲自带秋山光与帝国会面。在与帝国的会面时，贾斯汀和他所带的人员已悉数被卢卡斯关押。他敏锐发现，看守自己等人的佣兵并非来自101驻地的人。他意识到，101驻地的人大概率已经被远星704的人替换，恐要对会面不利。为此，贾斯汀找准机会、秘密联合部下进行了突围，并赶到了交接仪式现场。此时，埋伏在卢卡斯身边的远星704战士正举枪射击秋山光，帝国军队立即展开还击、双方阵营顿时大乱！贾斯汀只来得及匆忙救下卢卡斯，带着剩余部队逃回101驻地。
在101驻地里，卢卡斯面对周围荷枪实弹的商队成员与佣兵，向贾斯汀坦白了远星704全城“牺牲”的真相。
然而贾斯汀还未从错综的真相中理清头绪，帝国的大炮已经轰向了101驻地。贾斯汀只能率领101驻地的佣兵与商队成员进行抵抗。有科技会陆行车的协助，他们勉强守住了101驻地的大门，战争进入了胶着阶段。然而这样的情况并没有持续太久，一个神秘的男人潜入了101驻地市政厅，并径直将梅西耶拖向战场，一刀插进其肩膀。
这一举动引发周围剧变：帝国与自由贸易联盟军队内部纷纷出现了变异的感染者，感染者数量无故增多，激活了陆行车的最高危机应对方案——无差别消灭生命体！帝国、自由贸易联盟的士兵与无故变异的感染者，纷纷倒在了陆行车的炮火下。战场上无人生还，帝国退兵，而梅西耶也不知去向。
钢铁入侵后，有诺贝利学院的幸存者学生声称，在高校内见过落单的秋山光和其秘书喀秋什卡的踪迹，他们被一位教会的大人物带走了。
因帝国元首的失踪，帝国陷入了一片混乱。自由贸易联盟内部不愿放弃这个向北陆进一步拓展的好机会，于是遴选城传来了最新消息——招募一批志愿者为先遣队探索北陆区域，制定北陆城市的探索路线图。而熟悉北陆的商队成员英格丽，则被派往希望谷前去探查路线通道。糟糕的是，希望谷通往北陆城市莱文市的原通道已被损毁，
而更糟的是，英格丽在希望谷的实验室发现了已被自由贸易联盟认定死亡的救援队员亚瑟。
从他口中，英格丽获知了一个关于莱文市的可怕情报——那里，正在酝酿着新的恐怖病毒进化。这一次，人类能活下来吗？