王珪说道：“韦兄弟，你不知道其中的凶险啊！这会儿，想皇上已经调动十二军前去坊州护卫，我们集合手下之兵，再加上杨文干的那点人马，人数难有三万，岂是十二军的对手？”
几人商量之后，形成共识，目前之势，唯有等待李渊的来书，再定下步应对之策。韦挺派出一名与杨文干相熟的心腹，让他携带太子的手令，利用沿途的驿马，不停换马疾驰，找到杨文干问清举兵原因后，立刻返回。
李渊的手诏过了午时被送往东宫，上面未提及杨文干举兵之事，仅说让太子赶赴仁智宫有事相商。
四人看罢顿时释然，王珪道：“魏洗马，皇上的心思果然被你算准了。太子，皇上既然相召，说明他对你犹豫不定，如何摆脱这场厄难，就看殿下如何向皇上陈说了。”
李建成忧心忡忡，叹道：“这一行凶吉如何，我实在没有底儿。韦挺，若去庆州之人带回消息，你可速速派人送给我。”
魏征冷笑道：“只怕太子一入仁智宫，就难与外人见面。太子，这宫外的布置，比如与裴寂和齐王的联络，你还要好好筹划一番。”
李建成道：“仁智宫现在防卫严密，外人休想入内，想与裴监和四郎联络，说着容易，做起来就太难了。算了，听天由命吧。”
魏征道：“事不宜迟，请太子立刻上路。此去仁智宫，不可带人太多，免遭猜疑。”
“我知道。”李建成说罢，即出宫离京。身旁共带三百名随从，出京城未至六十里，到了一个名叫毛鸿宾堡的地方，他觉得带的人还是太多，随身只带十人，让其余人返回京城。他们这样行到仁智宫，已是四更天了。
正当李建成在东宫惶恐不安的时候，李渊又回到了仁智宫。回到宫内的第一件事儿，先是睡了一觉，现在仁智宫周围重兵防守，当保无虞。一觉醒来，他默默盘算，目前自身安全已保，又诏太子来见，该腾出手儿去收拾杨文干了。想到这里，他令太监去唤来李世民。
李世民也是一夜未眠，两眼熬得通红，他入宫见了李渊，“扑通”一声跪地泣声道：“父皇，到底出了什么急事儿？累父皇奔波惊惧，儿子这一夜担足了心事。”
李渊挥手让他起来，说道：“起来吧，当时事起仓促，又是晚间，难辨真伪，我就出外暂避一阵。二郎，那日东宫里的尔朱焕、桥公山来告，言说大郎给庆州的杨文干运送兵戈，让他起兵来袭仁智宫，逼我退位。”
“这怎么可能？大哥日常端庄淳朴，以仁孝事父皇，不可能会有反叛之心。是不是有小人来诬告大哥呢？”
“起初我也不信，紧接着宁州刺史杜凤举又来，说杨文干果然起兵，不由得我不信。”
李世民怒道：“文干竖子，敢为狂逆。父皇，杨文干不足为患，派一将讨之足矣。”
李渊道：“不错，杨文干不足为患。然杨文干为东宫所荐，又曾宿卫东宫，其事连大郎。若处理不好，别人以为我要废太子，大郎这些年培植势力不小，我恐怕尾大不掉，应之者众啊。”
李世民揣摩李渊的心意，觉得他想让自己带兵去剿灭杨文干，而且要不事张扬，影响越小越好。遂问道：“父皇，您的意思是让儿臣速去剿灭此贼吗？”
“对，你行军打仗，快刀斩乱麻，所战皆捷，甚合吾意。你今日不事张扬，带领天策府属悄悄到了宁州，我让折威军归属你指挥，前去捉拿杨文干。”说到这里，李渊语调一转，变得柔情起来，“二郎，当初我许你为太子，非是我对你偏爱，只是想我大唐天下，要有一个能干的儿子来传续。奈你推托不就，此事就作罢。如今大郎如此作为，太伤我心，我们不说别的，杨文干一个小小的都督，大郎如此关心，累送兵戈与他，他们到底想干什么？大郎已居储位，天下早晚是他的，犯得上如此着急，恨不得立刻就把我打入冷宫去吗？其心可诛啊！”
李世民又复顿首，涕泣曰：“父皇，儿臣想大哥不是这样的人，请父皇息怒，给大哥辩白的机会。”
“冤屈？他怂恿杨文干起兵，这是他的冤吗？二郎，我心已定，勿复多言。等你这次平定杨文干回来，我当立你为太子。”
李世民又伏地恳求：“父皇万万不可，自古以来皆立嫡长为储君，世民断断不敢窥视储位。”
李渊走过来扶起李世民，叹道：“唉，我们李家岂能步前朝杨家的后尘？你放心，我不会效法隋文帝自诛其子。我想好了，今后立你为太子，不杀大郎，就封他为蜀王。蜀地兵势脆弱，大郎在那里难成气候。他日大郎若能诚心事你为君，你可敬其为兄全其一生；若他不能事你，则自取其咎，由你处之。”
李世民见李渊说到这个份儿上，不敢再多为李建成求情，遂抹了一下眼泪，说道：“父皇既这样说，儿子定当忠君体国，以身报之。儿臣今日就出发前往宁州，一定斩杀杨文干此贼。”
“杨文干嘛，还是活捉最好。我要亲口问他，为何大逆不道，敢来叛朕？”
李世民拿着李渊的手诏出了殿门，见马三宝正在殿前张罗，就对他使了一下眼色。马三宝很识趣，很自然地走过来招呼道：“秦王好走啊。”
李世民握着马三宝之手大声道：“马将军，父皇身旁护卫之事，还要累你多操心了。”看到左近无人，侍卫不在身侧，他快速沉声说道：“三宝，我现在奉父皇旨意前去剿灭杨文干，我将房玄龄、杜如晦留下，你有事可和他们商议。近两天，这边的事儿肯定不会少了，你要多加小心。”
马三宝手紧了紧，大声道：“秦王放心，望你凯旋。”
李世民很快结束停当，打马出了西门，来到天策府属的驻地，要带众将前往庆州捉拿杨文干。
房玄龄和杜如晦见众将出门，就将李世民邀到一旁，悄悄说了自己的忧虑。
房玄龄和杜如晦那日得到长孙无忌的通知，已经明白了杨文干举兵，定然有李世民的功劳。两人私下议论，觉得拿杨文干谋反之事来扳倒李建成，分量显得太轻。不过事情既然做出来了，肯定会对李建成不利。两人议到最后，对李世民做此事绕开他们，单独运作，大为不解。杜如晦微笑道：“玄龄兄，看样子秦王对我们两人并未全托心事呀，这件事儿的提议者是我们，自始至终，秦王却未与我们商量一句。”房玄龄的心情也很复杂，叹道：“我们毕竟是秦王的属下，不是至亲，所以这件事儿就分出远近来。如晦，我们既为秦王属下，此事全当不知，关键时候，还是要向秦王提出建议的。”杜如晦点头称是。
李世民这会儿正好有话给他们说，低声道：“我去庆州，这里的大局由你们两位主持，数日之间，宫中也许有大变。我已嘱咐马三宝，宫中若有事儿，他会来找你们两人商量。”房、杜两人点头答应，房玄龄说道：“秦王，杨文干的事儿不闹明白，恐怕皇上一时不好下定论，这里面有许多变数。”杜如晦也道：“属下和房兄这几日私下议论，觉得杨文干谋反事连太子，似过牵强，唯望秦王明察。秦王此次典兵去剿杨文干，应将杨贼造反的证据都拿到了，方能取信皇上。”
李世民明白他们两人言语中的深意，点头道：“我知道你们的意思。”
为了赶时间，李世民令众将不从官道上行走，而是翻山越岭直插宁州，这样天亮之前即能赶到。
杨文干果然不堪一击，其时他正率人准备进击宁州，半路上遇到了李世民的大军。可怜杨文干费尽心力训练的乡勇不堪一击，稍稍与折威军一接触，即作鸟兽散。杨文干见势头不好，急忙收拢少数败军退回庆州，龟缩防守。
李世民并不忙着攻打，他令人从军中选出一些大嗓门的兵士，让他们对着庆州城喊话。先宣李渊圣旨，再说只擒元凶不问胁从之意。这一招儿果然管用，城中之人见大军压境，早已惶恐不安，这会儿听到不再追究众人的责任，只办杨文干一人，心里顿时活泛。原来杨文干刚一到职，即将他的骄横劲儿都拿了出来，对庆州一应官吏呼来喝去，对普通百姓就更不用说了，弄得大家敢怒不敢言。现在李世民在城外一呼喊，他们稍稍一商量，就一拥而上把杨文干绑了起来，然后大开城门，将杨文干送到李世民的面前。
李世民看到杨文干被捆成一团，脸上、身上沾满了泥土，痛得龇牙咧嘴，模样很是狼狈。他早闻杨文干之名，今日第一次见面，心中好奇，就走近多看了几眼。
杨文干却认得李世民，嚷道：“李世民，你别在这里得意。你以为打着皇上的旗号来捉我，这事儿就完了吗？告诉你，太子已经洞察了你的阴谋，他会替我报仇的。”
李世民一皱眉头，对尉迟敬德道：“敬德，去把他的狗嘴堵上，我不耐烦听这只疯狗乱咬。”
“殿下，瞧我先把这狗贼的舌头割下来。”
“敬德不可，父皇还要听他的口供呢。”
杨文干的嘴巴被一团破布堵上，仍旧在那里呜呜乱叫。
李世民一挥手道：“敬德，先把这厮关押起来。诸位，天色已晚，我们且入庆州城内歇息一晚，明日返回坊州。”
众人簇拥着李世民向城内走去，李世民将长孙无忌唤到近前，悄声道：“入城后，你设法把那封信找到。”长孙无忌点点头，明白这封信的紧要。
杨文干举兵反叛是李世民一手导演而成的。
李世民暗暗打听杨文干的性格，知道他为人浮动佻脱，好为虚言，到任后又染上了骄横的毛病，且性如烈火动辄激动，不顾其余。他针对杨文干的性格，与高士廉、长孙无忌一起商谈了数日，决定先挑起杨文干起兵。这次李渊到仁智宫避暑，所带兵马甚少，李世民以为是最好的时机，因而走了三步棋。
第一步棋，是针对杨文干唯听李建成号令的特点，伪造一封李建成的亲笔书信送至庆州。这件事儿不难，李世民与李建成的字迹非常相像，可以模仿得惟妙惟肖。长孙无忌又拿来李建成的图章图样，找高手刻了一枚，这章盖在书信上，绝无破绽。这封书信这样写道：
吾居太子之位，为秦王所觊觎。吾虽蒙皇上信任，然秦王势大，宫中宫外，为秦王说项者众，长此以往，恐父皇反复。今父皇至坊州仁智宫避暑，所带人少，秦王随行，此天赐良机也，卿练兵不懈，颇有成效，为一奇兵。唯六月初一，卿可领兵奔赴仁智宫，吾自长安出兵响应，则大事可成。事成之日，吾当授汝为兵部尚书。