萧瑀被李世民授为御史大夫，职掌御史台。御史台主要负责纠察百官之失，巡按州县之风，为朝廷的监察机构。萧瑀此前为特进，列文散官正二品，且参预朝政，有宰相职之实。李世民这样做，是看中了萧瑀的秉性忠直、端正耿介，让其在这个岗位上发挥作用。
李靖将碛口的事情安顿好之后，留下苏定方负责镇守定襄城，带领从人回京城复命。此时李世、李大亮、张公谨、柴绍、薛万彻已带领本部兵马返回原来驻地。当李靖到达渭水南岸的时候，侯君集奉李世民之令在此迎候，乐工们吹吹打打将李靖等人送入京城。
萧瑀此时求见李世民，奏道：“陛下，李靖平复东突厥，其功大焉。然其御军无法，亦有大罪。”
“御军无法？李靖号称兵法大家，萧公这样说，能令人信服吗？”
“李靖领兵袭破颉利牙帐，却放纵兵士，任其放手抢掠，将突厥珍物掳掠俱尽。李靖此次回京，听说仅带五车珍宝以归国库。陛下若不信，待李靖面君之时，自可查问清楚。”
李世民抬头思索片刻，缓缓说道：“是啊，打从隋炀帝开始，突厥获得了多少珍宝。五车？五百车也不止呀。”
李世民心里一动，想起自己以往征战之时，所获得的珍宝何止千万。这些珍宝除了可以赏赐给有功将士之外，自己还可以私下昧下一部分，至于上缴国库，当然寥寥无几了。当初攻破洛阳时，自己奉李渊之命将所获珍宝赏给有功将士，不料还是被李元吉、尹德妃等人到李渊那里累进谗言。李靖今日这样做，若他果真是御军无法也就罢了，可李靖素来治军甚严，他没有道理任手下将士肆意抢掠呀。想到这里，李世民的心头上忽然现出四字——“收买人心”。
李靖若果真起了收买人心的心思，事情就麻烦了。要知道李靖以军机纵横天下，他现任兵部尚书，手绾兵权，若任其发展，渐渐成了气候，的确是一件麻烦事儿。李世民这些年始终对李靖保持警惕之心，其原因有两个：一是李靖能力太强，二是他在玄武门之变前夕不肯向自己效忠。李靖此次用兵一万，就将为祸中土多年的东突厥给灭掉了。消息传回来，许多人都赞道：“李靖用兵真如神啊。”那份景仰之情，与自己当初为秦王时的风光无二。李世民此时又忽然想起三国时的司马懿，那司马懿起初对曹魏没有异心，立功颇多，然最终还是将曹家的江山给夺了去。
李世民的这番心思波动未在脸面上显现出来，他静静地对萧瑀说道：“李靖毕竟破了颉利，有此功劳，其他的都是末节。朕知道这件事情了，自会妥善处理。萧公，御史台不可因此事弹劾李靖。”
萧瑀很不服气，说道：“有功必赏，有罪必罚。李靖破敌有功，然亦有失，应该责之。陛下一向赏罚分明，缘何在这件事情上摇摆不定？”
李世民叹了一口气，说道：“治理好一个国家，若一味用刚直的法子，有时候效果并不好。萧公，你不可再争，这件事儿就这样定了。若御史台再有人弹劾此事，朕唯你是问。”
萧瑀只好悻悻而退。
第二日，李靖入朝献捷。当着群臣之面，李世民面露微笑，将李靖大为赞扬了一番。加李靖为左光禄大夫，赐绢千匹，增食邑一百户。散朝之后，李世民让李靖入东暖阁，单独召见他。
李靖满心想李世民精于战事，现在单独见自己定是询问战事的细节。孰料他一入阁就感觉气氛不对，只见李世民脸色严肃立在案前。
李靖拜毕，李世民沉声问道：“药师兄，你知罪吗？”
李靖顿时丈二金刚摸不着头脑，只好躬身答道：“臣不知。”
“你袭破颉利有功，朕刚才已经赏了你。然你御军无法，将突厥珍宝掳掠俱尽，这是不是罪过？”
李靖自从与李世民接触以来，李世民每每皆是和颜悦色，从没有如此疾言厉色的时候。他抬头观察李世民的神色，只见他脸色铁青，十分动怒，遂跪下奏道：“此次会战皆在夜色中进行，将士们趁乱收起一些珍宝，那也是有的。陛下，臣后来在军中严令，让将士们主动上缴，并造册登记，算是弥补了一些过失。”
“中土这些年输往突厥珍宝无数，缘何仅有区区五车运回？”
“颉利这些年为收买其他部落，已出珍宝无数，所剩亦寥寥无几了。”
“你还敢强辩？”李世民一拍案子，恼怒更甚，“这件事儿若是长孙顺德、尉迟敬德等人为帅放纵而成，尚情有可原，然发生在你李药师的治下，太不应该。你身为兵部尚书，又是此战的主帅，天下皆知你治军最严，然偏偏发生了这件事儿。朕少一些珍宝并不可惜，最为痛心的是因此坏了我军的规矩。朕读过你那三卷兵书，其中开篇说道‘驭军之法，以严格为要’，你的这番言语，难道仅仅让别人看的，而自己却另做一套？”
李靖见李世民动了真怒，叩首道：“臣知错了，请皇上降罪处罚。”
李世民依然慷慨激昂：“朕不罚你！你今日回府，将你那三卷兵书好好温读数遍，静思其过。”说完，他拂袖而去，将李靖晾在当地。
颉利那晚乘千里马带领数人逃出碛口，向西面逃去。他思来想去，感到四面楚歌，无处落脚。北面是薛延陀、回纥等部落，正西面是西突厥，东面、南面已成唐土。他想越过陇西，去投奔与大唐为敌的吐谷浑。行到半路，忽然一拍脑袋，骂自己：简直弄昏了头，怎么把阿史那社尔给忘记了？
阿史那社尔是处罗可汗的次子，是颉利的侄子。当初处罗可汗主政时，将其派往灵州之西北建牙，其部落有五万余家。颉利继承处罗的汗位，阿史那社尔与其来往不多，独力发展，倒是相对安定。
颉利在此惶惶然之际，决定先到阿史那社尔那里安身，然后相机说动阿史那社尔去投奔吐谷浑，也算有了一些与吐谷浑结盟的资本，再徐图发展。
不想阿史那社尔另有打算。他近两年来日益感到唐朝的强大，驻守在灵州的任城王李道宗和行军副总管张宝相日益向北挤压，使他感到处境越来越窘迫。眼下颉利独身逃此，则昔日强盛的汗国不复存在。阿史那社尔深知自己今后有被灭和投降两途，比较起来，及早出降还能全其部落。若降于薛延陀、回纥、吐谷浑等部落，只会落下被奴役的命运。而大唐素来心胸宽阔，对待异族并不歧视，使他坚定了降唐的信念。一日深夜，他令人绑起颉利，然后亲自押送，前往长安去见李世民。
李世民见阿史那社尔来降，顿时大喜，授其为左骁卫大将军，让其部落仍然居住在灵州之西北。对于颉利，李世民却是另外一番手段。
李世民这日登上顺天楼，楼内摆满了各种珍奇文物，奢华至极，其身边随侍有房玄龄、长孙无忌、萧瑀、陈叔达、王珪、温彦博、魏征等人。李世民入楼后坐定，让唐俭去唤颉利。
颉利无精打采上了楼，只见他神情委顿，失去了以往的跋扈飞扬之色，见了李世民赶忙屈身行礼。
李世民说道：“免礼。颉利，我们自便桥盟约之后，算来近四年时间。遥想当初你号称百万精兵，缘何败亡如此之速也？”
颉利低头不答。
李世民手指楼内珍宝，说道：“颉利，朕今日见你并非满心喜欢，心中其实很替你悲哀。这些年，你从中土索走多少珍宝？然珍宝没有穷尽的时候，你看，这里还有满楼的珍宝，可惜你再也拿不走了。你眼中只有珍宝没有其余，这正是你将偌大一个汗国折腾得覆亡的原因。”
颉利嘟囔了一句：“你们中土有句话，叫做‘成者为王，败者为寇’，到了现下这个地步，我无话可说。”
李世民立起身来，义正辞严斥责道：“你无话可说？朕却有话说。你即位时间不长，却犯下了五项大罪：一者，你藉父兄之业，不思创业，不思守成，反而纵逸淫虐，此为你亡国的根本原因；二者，你数与我国相盟，动辄违背；三者，你恃强好战，暴骨如莽；四者，你纵骑毁我庄稼，掠我子女；五者，前时我宽宥你罪，意图存你社稷，然你拖延不来。此五罪仅犯其一，即可将你斩杀。”
颉利被解入京城之后，自知罪过太大难逃一死，早已麻木不仁。他听了李世民的话，心里并不害怕，淡淡说道：“我有罪当斩，并不乞求活命。唯我那些流离失所的族人，请求陛下妥为安顿。”
李世民心中暗暗赞道：颉利说出这番话，还算有点硬汉本色。他又复坐下，缓缓说道：“你知罪就好，然朕并不斩你。知道为何吗？你自从渭水便桥盟约之后，并未大举入侵，使我边境保持相对安定。仅从这一点，朕就免了你的死罪。”李世民口里这样说，心里却不这样想。他所以免了颉利的死罪，有更深的用意。颉利虽暴虐失尽民心，然他为东突厥大汗多年，许多突厥人依旧视其为首领。若将其斩首，势必引起突厥人的心绪波动，弄不好还要出乱子。
颉利原来抱定了必死之心，闻听李世民免了自己的死罪，毕竟有求生的愿望，禁不住流出了眼泪。
第二日，李世民授颉利为右卫大将军，并拨给住宅，留住京城。
李世民将李靖晾了数日，方才单独召见。李世民此时颜色稍和，言辞也很亲切，他说道：“上次那件事儿，朕让你思过，可有什么结果？”
李靖顿首道：“陛下那日责臣，很是应该。臣御军无法，使皇上蒙羞，唯望皇上降罪。其实皇上的心意，处罚并非首要，是想让臣从心底里觉悟，以从严治军，使大唐之军成为纪律严明之威武雄师。”
李世民微笑道：“药师兄这样说，朕心甚慰。你御军无法，确实有罪。然朕这些日子细细想来，隋朝时史万岁大破达头可汗，而隋文帝却有功不赏，反而因其他小罪将其斩首。朕却不然，今天要录你之功，赦你之罪。”
李靖顿首道：“谢陛下宽宏之恩。”李世民又道：“还有一件事儿。如晦逝去，尚书右仆射的位置就空了下来。朕这些日子思来想去，觉得你是最佳人选。你文武全才，还需到如此重要的岗位上为朕办事。”
李靖连连推辞：“臣现为兵部尚书，已感觉吃力。尚书右仆射总理军国大事，职责甚重，臣没有经验，恐怕难以负担，请陛下另择他人最好。”
“药师兄，记得你以前说过，人非生来就会打仗。同样，人非生来就能理政。我心已决，你勿再推辞。至于兵部尚书一职，我想让侯君集继任。魏征曾说过侯君集有相者之才，也该让他历练一番了。”
李靖听到要授侯君集为兵部尚书，他张嘴想说些什么。然想了想，话终久没有出口。
李世民察言观色，问道：“药师兄莫非有什么话要说吗？侯君集能否胜任兵部之事？”
李靖斟章酌句：“侯君集跟随陛下多年，还是有相当才具的，应该能胜任兵部尚书一职。只是……”
“药师兄莫非有什么难言之隐？对了，我让你经常教授侯君集用兵之法，可侯君集前些时向我埋怨你并不全授。由此来看，你们两人之间并不是十分和谐，你教授时未尽全力，则责任多在你了。”
李靖听说侯君集背着自己告御状，颜色未改，淡淡说道：“侯君集所言为实，兵法中一些隐微之处，臣确实未加教授。现在中原无事，臣之所教，足以制四夷。他想求尽臣术，是否心中有隐微之处呢？”
李靖的话说得委婉，然李世民能听出来这样的含义：侯君集心存异志。
但李世民压根就不往这方面想，哈哈一笑道：“人若溺于一事，往往求深穷究。侯君集这样说，也在情理之中，还是药师兄多心了。若依此推理，药师兄识军机之隐微，莫非也心存异志吗？哈哈，我却从来没这样想过。”
李靖躬身道：“陛下明察秋毫，臣万万不能及。”
“嗯，此事就这样定了。如晦临终之前，还念着安顿突厥之事。药师兄，你及早到任，我们还要好好把这件事儿议一议。”
数日后，果然一纸诏书授李靖为尚书右仆射，侯君集为兵部尚书。这日，李世民来到政事堂，与众宰臣们商量安顿突厥之事。他们刚刚谈了几句，李世民觉得人数太少，不能听到广泛的意见，遂让人去唤身兼学士之人。
人们得知今日的议题，觉得事关重大，先是沉默片刻。
李世民让温彦博搬来一沓疏奏，随手翻检了一下，说道：“如何安顿突厥，已迫在眉睫，一些臣子已想到此节，纷纷上疏陈述个人意见。这里面，李大亮、窦静、李百药等人说得比较全面。温卿，你择要给大家读上一读。”
颜师古现以中书侍郎兼职学士，他仔细听了疏奏中的意见，首先说道：“陛下，臣以为李大亮、窦静等人说得有理。想那突厥之人豺狼心性，饱则飞去，饥则附人，恍惚来去无常也。臣以为可使他们仍居漠南，但要分散其部落，以弱其势。对其中族群较大之酋长，可以妻以宗女，以固其心。”
房玄龄当即不赞成：“颜先生此话，又走到老路上了。当初隋文帝就是这样做的，结果呢？成就了一个强盛的东突厥汗国，为祸中土数十年之久。今天若继续这样做，焉知数十年之后会不会又出现一个汗国，这就为后世埋下了隐患。”
群臣连连点头，觉得颜师古所言不为高招。萧瑀说道：“戎狄之性，犹如禽兽。其穷困之时，神情哀怜，像隋文帝不能察其本性，拨出富庶之地让其居住，以致酿成大祸。玄龄说得对，这样的事儿今后不可再为之了。”
颜师古仍旧不服气，他起身走到放有奏疏的案前，从其中取出几本，略略翻了一下，说道：“这些奏疏经过中书省的时候，我逐本翻阅，见其中大部分人的意见，要将这些突厥人尽数迁入中原，分其部落，使他们散居各个州县，然后教之以耕织，化胡虏为农民，将塞北之地空虚。这样的做法，实际是采取了强制同化的措施，不顾突厥人的生活习俗，容易酿成大变。且塞北空虚，即使突厥人不在这里居住，亦挡不住其他部落来此游牧。依我看，这种做法并不比我的意见高明。”
话说到这里，已经现出了辩论焦点所在：一是如何妥善安置突厥人；二是塞北历来为北方游牧部落袭扰中土的根据地，须防患于未然。
房玄龄叹了一口气，说道：“塞北之地不可轻视啊，若处置不好，又成祸乱渊薮，就枉费了这番征战工夫。想秦始皇一统六国，终对塞北之地无计可施，只好筑起了一道长城，试图将夷狄挡在长城以外，是为无策；至于汉武帝，虽派卫青、霍去病征讨匈奴，且连连取得大捷，然毕竟穷兵黩武，劳民伤财，亦为下策。皇上今日让我们在这里议论，就是想找到好法儿，对以往的做法不可简单仿效。”
李世民坐在一边，认真倾听群臣的议论，并不插言。
魏征立起身来，说道：“突厥世为我国寇盗，为百姓之大仇。若将他们散入中原，极易引起冲突。房仆射，我们固然不可简单效仿前朝政事，然隋文帝当初安置启民可汗的法儿，有其合理的地方，只要将其散入漠南，稍加管理，以我国强大的国势，谅其难成气候。”看得出来，魏征极力赞成颜师古的意见，坚决不同意将突厥人散入中原。
王珪这时插话道：“将突厥人散入中原会引起各方冲突，若将他们归入漠南，毕竟鞭长莫及，极易有变数。唉，这两种法子各有所长，然也有极大的缺陷。”
温彦博以前作为唐朝的专使，多次前往东突厥，熟知突厥人的习俗，这几年又为朝中重臣，视野上相当开阔。他自从入堂一直认真倾听别人的意见，默默地在那里思索，未发一言。看到大家在那里争执，分成主内迁和主外流两派，他的思路渐渐明晰起来，于是站起身道：“诸位已经说过了不少，彦博想说说自己的想法。”
李世民这时****话来：“要说众卿对突厥的熟悉程度，首推温卿，再一个就是唐俭了。温卿，你大胆说吧。”