沈觉非提议邹元标担当申时行的副手，申时行心想这邹元标不是张居正的人，虽然清正，但也防碍不了自己。张居正暗想邹元标清正，有他在申时行有什么问题也捂不住。两人心思不同，结果却一样，对任命邹元标没有异议。(小说)
沈觉非满意的一笑，说道：“先生去河南，首先要弄清楚到底灾区有多大，这样户部也好调配物质。从现在的情报看来，是可能很严重的。”
申时行慨然说道：“陛下放心，臣既然受命，自当全力而为，为陛下分忧，事不成不回京面圣。”
沈觉非道：“如此朕就放心了。赈灾事大，就请申先生早日动身。至于赈灾所需要的物质人力财力先生可以就近支取，朕在京师也会全力支持先生的。
申时行起身，振一振官服道：“臣明白，天亮后臣交代完公务，再回家收拾几件东西，就出京去灾区。”既然天子喜欢那自己辛苦一点又何防？“陛下在京师，也要多多保重，勿要操劳过度。”这句话虽然有恭维的嫌疑，但也确确实实包含了申行时的感情。在他看来，当今天子可以称得上明主，勤政﹑爱民﹑守礼﹑宽厚，对自己也尊敬信用，自己一身才学有了用武之地，感激之情油然而生。如今暂别，心中是有些不舍。
沈觉非也有同感，自己主持政务半年来，和内阁张居正申时行等人几乎是朝夕相处，合作愉快，怎么会没有感情？“先生不要担心朕，朕自会一切小心。先生去灾区，也请爱护身体。还有先生此去，还要为朕弄清楚一些事情。”
“请陛下吩咐。”
沈觉非整理了一下思绪，说道：“第一是黄河决口的原因，天灾固然是其一，但人祸也未必没有。河务总督潘季驯是治河高手，可以与之商议，勘查出实情。”
潘季驯精通水利，内阁众臣都是知道的，也是他们保举其出任河务总督的。而沈觉非早有意花大力气整顿北方水利，不光是治河，还包括运河，农田水利等等，而相中的人选就是这潘季驯。现在让申时行带着潘季驯一起赈灾，探查黄河。一来可以避开言官对潘季驯的弹劾，二来可以了解实际情况，便于治河，三来也可以让潘集驯沾一点申时行的光，便于以后行事。
“第二点就是了解一下河南山东南京等地清丈田亩的情况。”沈觉非笑道，“那些地方官员的汇报怎么都让朕有些不放心。所以就请先生留心了。”
清丈田亩，然后才能公平税赋，然后才能让大明帝国的基层保持稳定。这一项措施可以说是沈觉非张居正六年改革的核心，其成败直接关系到改革的成败，也关系到大明的国运。(小说)
但这样的改革，在地方上就遇到了不少阻力，比如当初李谪凡的父亲就是因此得罪的。在报上来的账目中，也多有不实之处。申时行此去赈灾，底层百姓接触的机会很多，应该可以了解到真实情况。因此，张居正也站起身来，正色对申时行道：“有劳汝默了。”
汝默是申时行的字，张居正绝少这样称呼他，到让申时行有些不习惯。他明白清丈田亩的重要性，自己身为国家大臣内阁次辅，也有一份责任在其中，说道：“请陛下，首辅大人放心，时行此去于次事定当留意，有所得必当以实情禀报。臣告退了。”
然后俯身对沈觉非礼拜，退出了内阁。
商议了大半夜，此时已经是东方之既白，朝日之将升。不过沈觉非还没有休息的意思，方才申时行只是赈灾部分，还有缮后的事情也必须提前准备。首先还是粮食问题。“张大人，河南山东等地受灾，洪水一来，家财荡尽，灾民衣食无着，就全靠朝廷振济。今年秋冬，直到明年夏夏粮收获，朝廷必须一直振济，所需巨大啊。户部能否承担？”
户部尚书张学颜想了一想说道：“虽然还没有具体受灾人口，但这几年连续丰收，朝廷赋税收入也充足，调集江南湖光的存粮赈灾应该没有问题。倘若不足，还可以发放赈灾银，让灾民自谋。”
张居正摇摇头，说道：“发放银子不是好办法，一则朝廷存银也不多，二则骤然发放大批银子，必然引起物价上涨，反不利于救济灾民。”
沈觉非也是同样的见解，发银子给百姓绝对不是好办法。但是一味靠朝廷振济，也不是办法，“朝廷在各地的存粮，有其用途。如果大量用于赈灾，那今明两年的军粮可由保证？”
张学颜道：“朝廷军粮大部分由江南供应，河南等地比例并不大。但是要用江南之粮振济灾民，耗费巨大，恐怕军粮会有些短缺。”
沈觉非问道：“其它省份可有余粮可以调用？”
张学颜道：“各省的粮食都有其用途，比如陕西山西两地之粮就大半用于边镇，江南调用京师。西南各地只能自足，唯有广东有结于，但也不多。”(小说)
沈觉非明白眼前的情况自己也有一份责任。万历二年推行一条鞭法，是要求用缴纳银两来代替以前的实物。但实行一段时间后，发现效果不理想。农民于秋后收获后缴纳税赋，先要将粮食换成银两，而因为新粮大量上市，粮价大幅度下降。三四个月后，粮价又恢复正常，而这时朝廷用银子购买等量的粮食就需要付出更多的银子。算来算去，农民和朝廷都吃了亏，只有粮食商人得利。
到了五年，朝廷再次改变赋税征收方式，变成一半银子一半实物，而且这银子可以在一年中任何时期缴纳。如此一来，才改变了以前的弊病。但，也导致了今日的问题：就是朝廷存粮太少。
不想张居正又说道：“黄河决口，洪水必然涌入运河，泥沙沉积，堵塞河道。即便江南有粮，也难以运抵京师啊。”
连兵部尚书方逢时也意识到了问题的严重性，灾民不能不振济，军粮也不能不发，可现在粮食不够，而且运粮的运河还可能不通。他是兵部，自然教重视军事，说道：“陛下，军中不可一日无粮啊。缺粮，何以御敌？臣以为可以紧急加派，解一时之困。”
沈觉非摇头，加派加派，明末就坏在加派上的。
“陛下，可否紧急在京师陕西等地紧急征收明年的税赋。让宽裕之家先交了明年的份额，不宽裕的不交。还可以降低税赋，以鼓励百姓预交明年赋税。”张学颜建议道。
听来不错，但沈觉非相信如果实行这样的计划，那京师陕西等地也必然闹得像“发了洪灾”似的，民怨四起。