义庄﹑济世堂﹑善堂是民间开办的慈善机构，收容老弱孤寡。申时行的奏报中也多次提及灾区搢绅寺院慷慨解囊，施舍钱粮衣物，以助赈灾；申时行在折子中为其请功，沈觉非一一答应，授予这些人“士”的称号，以为表彰。这些事情，也启发了他宗教改革的思路。中华要强盛，就必须与世界交流，那是西方之宗教必然进入中国，与中土佛道二教争衡。在沈觉非看来，明以来二教人才匮乏，思想上少有创建；而且以佛道二教的传教习惯，与西方天主基督相比，恐怕难以占到上风。因此必须对佛道二教加以改革，立规矩以成方圆，当然也有为我所用的意思。这都是远景规划了。
听潘季驯说河南灾情大体已定，万历心中高兴，从江南等地采购衣被，已经影响了江南的纺织业，锦衣卫的线报显示最近江南棉布的价格上涨了两成。自从大开海禁后，江南的棉布丝绸瓷器等物就大量出口南洋，价格也一路上升，有一些地方，还出现了大片农田不种粮食专种桑麻的情况。
但现在最重要的还是黄河灾民的问题，稳定第一嘛。又问道：“各地明年春耕可有准备？灾区田亩可妥善处理？”
估摸着万历会问这些问题，在潘季驯来之前，申时行已经对他仔细交代过，让他留心。潘季驯头上有了细汗，想了想，说道：“陛下，申阁老已经让各地官府衙门准备种子和耕牛，还申请户部想其它省区购买耕牛种子。现在存在各地驿站，派有专人饲养照看，准备开春发放给灾民，待秋收后，再取回本钱。邹元标邹大人也向各地派了御史，监察此事，督促实行，想来明年春耕会顺利进行。”
恢复生产是振济灾民的重要措施，只有恢复了生产让灾民有了自食其力的能力，才能最终完成振济灾民的任务。潘季驯的回答，与锦衣卫的秘报相吻合，万历感到满意，示意潘季驯继续说下去。
“灾区田亩之事也按照陛下的旨令在进行。将无主的土地分给无田少田的农民，也鼓励重新开荒，官府免费发给农具。黄河沿岸的土地因为将来治诃要用，臣以为不宜分给农民，因此臣已经给申阁老提了建议，申阁老也以为然。至于清量田亩和重定税赋，因为陛下要免税三年，而且水灾后天地肥瘠已变，还需明年之后才能展开。”
沈觉非点点头，看来这一次赈灾申时行等人却是做得不错。又继续问道：“在灾区，可有豪强权贵趁火打劫，不顾天良？”
“回禀陛下，洪灾之后，一些府县虽小有扰乱，但都立即被镇压，首恶以正国法。申阁老到任后，宣皇威，施皇恩，恩威并重，地方清静。各地的藩王勋贵也多守法，崇王赵王等还大量捐献，协组赈灾。”
“是这样啊。”万历说道，这些藩王能怎样就好了。
继位之后，万历几次削减藩王和宗室，规定郡王以下的爵位最多只能世袭五代，废除了好几个民愤尤大的藩王和勋贵。但是却将宗室头上的禁令除掉，允许其出仕经商，允许其在通报朝廷后离开封地，允许其每年在京师居住半年，允许其弟子游学等等。当然还是有些限制的，比如不能担任军队高级职位，不能干涉地方政务，不能私自结交外国君臣。如此一来，朝廷的负担减轻了，又能从宗室种选拔出一些人才来，而且解除对藩王的禁令，还给他们一些自由，也降低其心理变态危害百姓的比例。那些藩王宗室可就不同了，虽然禁令没了，但待遇也低了，对万历是又爱又恨，又没办法。
藩王府中有朝廷得官员，又有锦衣卫暗中监视，万历对藩王宗室中的不满情绪了解得一清二楚。解除了禁令得藩王，没兵没人也闹不出大的风浪来。万历也由着他们。但是对宗室中的人才却开始了大规模的培养和任用，其中最著名的就是郑王世子朱载堉。朱载堉嘉靖四年十二月，封世子。自幼喜爱音乐、数学，不慕荣华。二十九年，郑王遭诬陷，削去王爵，遗发凤阳。朱载堉在府邸门外筑土屋独居十七年余。隆庆元年其父得以平反，复爵还怀庆。四年，诏复载堉世子冠带，朱载堉在父亲指导下，致力于音乐，对数学和天文等都有研究。在万历初年，他已经创建了十二平均律的理论，把律学研究推向新的高度，是世界音乐史上的创举。万历六年，沈觉非亲自主政后，就将朱载堉调到了京师，出任致德公学的音乐和数学教员。本就生性淡泊，厌恶了政治斗争的朱载堉当即答应，很快就到了京师。一同进京的还有担任致德公学国学和绘画教员的蜀王和宁王后裔。当然更多的宗室子弟是进入致德公学学习，或者进入羽林卫。
听闻潘季驯奏报说“崇王赵王等还大量捐献，协组赈灾”，万历帝心中高兴，不管他们是真心还是作秀，做善事总是改奖励的。于是当即命安宁去内阁传旨，下诏嘉奖崇赵二亲王，各赐予银三千两。接着对潘季驯笑道：“爱卿这一次也是功高劳苦，朕还不知道该如何赏赐卿家。”
潘季驯道：“在臣的任上，黄河决口，乃万死之罪。皇上不加责罚，反而任用罪臣，以观后效。臣于赈灾，虽有微劳，不敢言功。”
万历见潘季驯也是须发斑白，其劳苦可知。沉声说道：“朝廷赏罚不能不公正。黄河决口乃是天灾，不干卿家的事。而此次赈灾，卿实有大功，不能不赏。但朕的赏赐与以前不同，非名非利，乃是一项苦差，不知卿家接受与否？”
进京路上已经琢磨此事的潘季驯知道是说正事了，忙道：“陛下吩咐，臣万死不辞！”
然后就见万历帝取出一本折子放在潘季驯面前，上面写着“重兴北方水利计划”几个楷书大字。